Entweder wird die Pflanzenschutzbrühe auf dem Hof oder direkt im Weinberg angerührt. In beiden Fällen ist darauf zu achten, dass auch bei unvorhergesehenen Ereignissen auslaufende Brühe niemals in die Kanalisation oder direkt in Gewässer gelangen darf. Auch beim Transport der fertigen Brühe muss gesichert sein, dass nichts davon auf Straßen oder Wege gelangt. Von dort gelangen die Wirkstoffe entweder sofort oder beim nächsten Regen direkt in die Kanalisation oder in Oberflächengewässer.

Tankdeckel müssen einerseits zwecks Druckausgleich luftdurchlässig sein, dürfen aber andererseits keinerlei Flüssigkeiten nach außen dringen lassen und müssen fest sitzen. Schläuche, Düsen und Armaturen dürfen nicht tropfen.

Bei Geräteprüfungen, wie sie für alle fahrbaren Pflanzenschutzgeräte vorgeschrieben sind, wird auf Dichtigkeit besonderer Wert gelegt. Die Prüfung entbindet den Anwender jedoch nicht von einer regelmäßigen Kontrolle auch zwischen den Prüfungen.

Beim Transport von Brühefässern auf Anhängern ist auf ausreichende Transportsicherheit zu achten. Gerade teilgefüllte Fässer erzeugen während der Fahrt eine Eigendynamik, die zu Unfällen mit weitreichenden Folgen führen kann.

Die Führung einer Lagerliste erleichtert die Übersicht des Lagerbestands. Sie ist allerdings nur von Vorteil, wenn sie regelmäßig aktualisiert wird. Die ordnungsgemäße Lagerung von Pflanzenschutzmitteln dient der Sicherheit des Personals und dem Schutz der Umwelt.
Bei Betriebskontrollen der Landwirtschaftsämter werden auch Pflanzenschutzlager geprüft. Pflanzenschutzmittel – selbstverständlich auch Mineralölprodukte, Treibstoffe und Schmierstoffe – sind in dichten Behältern zu lagern. Mit diesen Stoffen ist so umzugehen, dass weder Grundwasser noch Kanalisation belastet werden. Pflanzenschutzmittel sind immer in verschließbaren Räumen oder Schränken aufzubewahren. Alle Mittel müssen zu jeder Zeit unzugänglich für Kinder aufbewahrt werden. Das gilt auch in der Zeit, in der das Mittel im Hof zwischen zwei Behandlungsfahrten „zwischengelagert” wird.

Das Lager ist mit ausreichender Rückhaltevorrichtung oder einem Auffangsystem auszurüsten. Für den Fall von Leckagen sollten Chemikalienbinder oder Sägemehl und Plastikbeutel bereitliegen. Belasteter, zusammengefegter Leckagenschmutz ist über die Schadstoffsammlung zu entsorgen.

Rutschfeste und leicht zu reinigende Böden sind von Vorteil. Pflanzenschutzmittel sind in Originalverpackungen mit unversehrten und gut lesbaren Etiketten zu lagern. Bestehen auch nur die geringsten Zweifel am richtigen Inhalt, müssen die Behältnisse über die  Schadstoffsammlung entsorgt werden.

Es kommt immer wieder in regelmäßigen Abständen zu massiven Schäden in den Weinbergen, wenn Herbizide in andere Behältnisse umgefüllt worden sind und dann versehentlich falsch angewendet werden. Gerade für den Pflanzenschutz in Dauerkulturen wird dringend empfohlen, Herbizide räumlich deutlich getrennt von anderen Mitteln zu lagern. Oftmals sehen sich die Behälter ähnlich und es kann auch dadurch zu folgenschweren Verwechslungen kommen. Bis zu einer Lagermenge von 100 Litern oder Kilogramm erfolgt die Lagerung auf eigene Verantwortung entsprechend den genannten Vorgaben.

In regelmäßigen Abständen sollten die Lagerbestände überprüft werden. Mittel, die einen in der EU nicht genehmigten Wirkstoff enthalten, sind nach Ende einer Aufbrauchfrist zu beseitigen. Bei Betriebskontrollen wird dies geprüft. In der Liste finden sich Pflanzenschutzmittel, die in den vergangenen Jahren im Weinbau eine Rolle gespielt haben, jetzt aber verboten und zu entsorgen sind. Die Liste erhebt keinen Anspruch auf Vollständigkeit.
Pflanzenschutzmittel, die durch unkalkulierbare Überlagerung oder nach Ende der Aufbrauchfrist nicht mehr anwendbar sind, sollten entsorgt werden. Die Entsorgung von Pflanzenschutzmitteln wird durch das Kreislaufwirtschafts- und Abfallgesetz geregelt. Sie ist möglich über Entsorgungsfirmen, Sammlungen im Rahmen von Sonderaktionen des Industrieverbandes Agrar, Sammelstellen der Landkreise und vielfach und am einfachsten für kleinere Mengen durch das Schadstoffmobil, das in regelmäßigen Abständen auf die Dörfer kommt.
Neben dem eigentlichen Pflanzenschutzmittel muss auch die vollständig geleerte und gespülte Verpackung umweltgerecht entsorgt werden. Speziell für die Entsorgung leerer Behältnisse und Packungen hat der Industrieverband Agrar mit der Initiative PAMIRA ein Projekt zur Entsorgung entwickelt. Der Anwender kann dabei an Sammelstellen entleerte und gereinigte Verpackungen von Pflanzenschutzmitteln zurückgeben. Bei Bedarf sollte man seinen Händler fragen.

Kleinere Packungen werden sorgfältig gespült und können in den Hausmüll. Das Spülwasser wird in die Brühe gegeben. Es ist unbedingt darauf zu achten, dass niemals Rückstände von Pflanzenschutzmitteln in einen Wasserabfluss gelangen.

Als Lagerstabilität oder Haltbarkeit gilt der Zeitraum, innerhalb dessen eine sichere Anwendbarkeit und ausreichende Wirksamkeit gegeben ist. Die Lagerstabilität hängt von der Natur des Wirkstoffes, der Formulierung, der Verpackung und den Lagerungs- und Transportbedingungen ab. Die größte Unsicherheit stellen Lagerung und Transport dar. Darauf hat der Hersteller keinen Einfluss.

Die Haltbarkeit der meisten Pflanzenschutzmittel beträgt mindestens zwei Jahre ab dem Herstellungsdatum, es sei denn, auf den Packungen wäre ein Verfallsdatum aufgedruckt. Viele Pflanzenschutzmittel sind jedoch auch über einen deutlich längeren Zeitraum verwendbar. Voraussetzung ist die durchgehend sachgemäße Lagerung. Bei flüssigen Produkten ist dabei unbedingt auf frostfreie Lagerung zu achten.

Pflanzenschutzmittel, die seit März 2009 in den Handel kommen, müssen in jedem Fall das Herstellungs- oder Produktionsdatum tragen. Kann der Hersteller die Verwendbarkeit nur für weniger als zwei Jahre garantieren, ist zusätzlich ein Verfallsdatum anzugeben. Bei einer Haltbarkeit von mindestens zwei Jahren ist ein Verfallsdatum nicht verpflichtend, kann aber angegeben werden, wenn der Hersteller von einer längeren Lagerstabilität überzeugt ist.

Wenn die Gebrauchsanleitung Hinweise zur Lagerung enthält, sollten diese beachtet werden. Ansonsten gilt die Empfehlung, Pflanzenschutzmittel trocken und kühl, aber auf jeden Fall frostfrei zu lagern. Bei Mitteln, bei denen fraglich ist, ob ihr Haltbarkeitsdatum überschritten worden ist, kann eine Nachfrage beim Hersteller sinnvoll sein.